1992年，哈尔滨731陈列馆工作人员小金在整理史料时，发现这段历史的记录残缺不全，为寻找真相，他踏上了一场跨越数十年的跨国取证之旅，逐渐还原出那段被尘封的黑暗岁月真相。故事采取双时间线叙事，镜头回到日军侵华期间的哈尔滨，通过几个当事人的视角，深刻揭露日军731部队残酷的人体实验和泯灭人性的暴行，鞭笞日本军国主义的反人类本质，凸显中国人民坚韧的抗争精神。
在第二季中，糖糖去国外留学，而甜美可人的靓丫头雪儿、古怪精灵的鬼丫头爆米花和她们的新朋友：义气假小子的凶丫头牛牛将携手一个个全新的角色给大家带来一个个更加幽默搞笑的可爱小故事，她们建网站：与网友交流、支持鼓励“棒棒糖”宣言、帮助“黑夜小精灵”克服恐惧…… 她们不再是上小学的小小女孩，而是成长为更加独立、更加有主见的中学女生。整个剧情也不再局限在雪儿的粉红色卧室里，故事的主场景被大胆地移到了疯丫头们所在的学校活动室、走廊以及篮球场。在这个有趣的地方，有着更多奇怪好玩的朋友们：超级自恋，又爱犯傻的泰山表哥；爱唱京剧，非常自信又颇为夸张的大红帽；精通网络，超爱耍帅的jqx；不讲卫生，鼻涕到处抹的左耳朵；发音不准，酷爱音乐而洋相百出的校医老师；戴着手套，神秘兮兮的校长贝贝；严厉严肃，戴着眼镜的温老师和柔老师；喜欢恶作剧，老出鬼主意的果子冻；时刻淡定，生活在自己小宇宙中的大帅；视疯丫头为强敌的校花婷婷以及她的小跟班，人高马大的小米……
即将从警校毕业的秦川和另两个同学被选拔进特案组，第一次出任务便惨遭重创，一死一伤。经领导和战友力保，秦川留在特案组，被派往金三角配合程建邦行动。不料行动中阴差阳错，本应是配角的秦川代替程建邦成了任务主角，进入监狱接近了目标，成功潜入金三角卧底。金三角势力错综复杂，风云变幻。毒枭以兄弟情义迷惑，令人黑白难辨。毫无经验的秦川凭借坚定的信念一路闯关，与暗中配合的战友一起出色完成了任务，及时传递回关键情报，我警方得以在边境截获上千公斤的毒品。遗憾的是战友宁志在撤退前牺牲。宁志埋骨在异国他乡，秦川始终无法释怀，终于找到机会与程建邦重返金三角。最终秦川和程建邦拿到毒枭在内地开设制毒工厂的关键情报，再立新功，阻止了毒枭在内地建立制毒工厂的阴谋。
上海名媛吕晗芝因父亲被汉奸杀害，家道中落，从此走上了抗战的道路。因缘际会，与吕晗芝命运紧密相关的两个男人，却分别属于两大敌对阵营。表面上为汉奸做事的高晨，实际上是中共地下党的情报人员。表面上抗日锄奸的韩寿民，虽然曾是国民党军统优秀特工，但逐步被汪伪特务组织设计陷害，走上叛变投敌的不归路。这三人的情感关系在抗战的时代背景之下充满变数。吕晗芝徘徊在中共和军统的两大谍报高手之间，逐步从不谙世事的名媛成长为一名出色的谍报人员。吕晗芝身处汪伪与抗日势力的血腥搏杀之中，扑朔迷离的人物身份，生死相搏的卧底生涯，使得她在残酷的斗争中几经波折，逐步成熟。最终在中共党组织的帮助下，吕晗芝找到了自己的信仰，成为了一名周旋于上海上层社会的中共优秀情报人员 。
在特殊的历史背景下，工程兵出身的魏东晓随着部队到南滨，和战友们用双手建设南滨，转业后进入政府工作一段时间选择辞职，创办了自己的通信公司。几经波折，魏东晓凭着一股劲儿愣是将通信公司经营活了，并发展成为国内的龙头企业，而魏东晓更是不满现状，带着同事们打了一个又一个硬仗，最终成为世界通信行业的领军人物。杜芳也不甘落后，从开砂锅粥摊开文印社，最后做起了广告公司，成为南滨十大广告公司之一。为了解决部分工程老兵的生计问题，夫妻两个特意开办地产公司。与此同时，夫妻俩流落在香港的儿子蚝仔找回了，大儿子虾仔则从魏东晓公司离开创办了互联网科技公司，最终和母亲一起打造智能养老社区，用科技改变生活。
