《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
小行星撞击地球，主要大地受到名为「忍」（シノビ）的毒害，形成异形攻击人类，人们只能逃向以前是海底的「海陆」；拯救的方法唯有复活「机神将」（机神将（ギガロード））。约五百年后，亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」（ヤギュウ）之血的少年周防二人挺身而出……
故事发生在名为“风祭”的都市之中，天王寺瑚太朗（森田成一 配音）是一名平凡的高中生，过着风平浪静的生活。一年一度的收获祭即将到来，这个热闹欢快的祭典让整个城市都陷入了欢乐而躁动的海洋之中。 瑚太郎接受了一份寻找新闻线索的工作，于是开始了在城市各处的奔走，在此过程中，只存在于都市传说之中的怪奇事件和神秘生物渐渐浮出了水面，与此同时，瑚太郎的身边亦发生了许多令他百思不得其解的怪事。为此，瑚太郎找到了超自然研究会的会长千里朱音（喜多村英梨 配音），希望后者能够解答他的疑惑，哪知道在两人调查的过程中，瑚太郎的一干好友纷纷被卷入了风暴之中。
憧憬着像漫画一样展开故事的前辈北滨瑛二，以及擅长扮演不同类型角色的后辈七仓凛。在同一戏剧部的二人将如何擦出火花？七仓凛能以真实的“自己”向前辈传达自己的想法吗？
几乎每个小男孩都喜欢恐龙和汽车，如果有一个形象能将两者融于一身，那会不会变成男宝们的最爱呢？
カボチャのランタンに彩られた街――。 ハロウィンのお祭りで賑わうとある島に訪れたジータ達は、お菓子の屋台が立ち並ぶ街の雰囲気を満喫していた。 カリオストロもお祭りの風習に合わせた「世界一可愛い」仮装をしてご満悦の様子。 そんな中フェリは「死者の魂が帰ってくる」というハロウィンの伝承に興味があるようで、お祭りの参加者から情報を集め始める。 幽霊である彼女は、死者の魂の導き手に会って自分が何者なのかを訊ねたいようだ。 フェリが訊いた話によると、死者を連れてくるのは「迷子のジャック」と呼ばれるカボチャ頭の怪人。 さらに街を散策するうちに、ジータ達は今朝から姿が見えなくなった行方不明の少年の噂を耳にして……？
