该剧以抗日战争时期山东胶东王官庄为背景，围绕农民冯德强一家展开。其父遭日寇汉奸杀害后，冯德强加入八路军成长为优秀战士，妹妹娟子参与共产党员姜永泉领导的抗日斗争。母亲也在子女影响下投身抗战，因汉奸王柬芝出卖遭受酷刑，幼女被害。冯德强揭露王柬芝叛变行径后将其处决，并假借汉奸身份潜入日寇据点收集情报，最终配合八路军攻占日军占领的县城。
1948年，解放军发动了辽沈战役，个别城市先行解放。郴城就是其中之一。但是国民党潜伏特务、散兵游勇、惯盗悍匪等多重阴霾使郴城陷入了不战而乱的困境，混乱和萧条充斥这个大城市的角落。原地下党员秦天亮为了使群众在新政权下重拾生机，迎接挑战，接任了郴城军管会主任。秦天亮带领侦查处处长技连才、保卫处处长孙大虎以及国外留学回国的侦查顾问耶律麒开展了一场脱胎换骨的改造工作。耶律麒对新政权一直抱着怀疑态度，虽是私家侦探专家，却一直本着一天和尚撞一天钟的态度与军管会各级干部始终保持距离。但他在这些共产党人新同行的感召下，在榜样的影响下终于变成了一名坚强的战士，发挥自己的推理特长，抽丝剥茧层层深入，在领导的运筹和同事的帮助下，最终粉碎了潜伏特务企图暗杀中央领导人的阴谋。
黎明前的上海，社会各界知名人士纷纷响应中共民主主张，要求结束蒋家王朝专制统治。人心向背，大厦将倾，困兽犹斗的国民党国防部保密局，接受躲在溪口老家幕后指挥的蒋介石直接指令，针对那些无法公开清除的社会名人，炮制出一份“黑色名单”。 军统昆明站干将黄龙杰被抽调组建代号为“闪电”的特别行动小组，展开一系列瞒天过海的暗杀活动。为此，黄龙杰以药业公司代表身份，携带妻子和部下分批赶到上海，向上海站站长韩天石报到，同时展开行动。 上海地下党组织敏锐地发现了这一动向，决定成立“曙光”行动小组，由表面上八面玲珑的商界女强人、实为地下党员的中洋贸易公司单身女经理郭家月牵头，执行保护任务，以年画作坊为掩护的情报站主任王怀志担任这一小组的联络人。 “曙光”一出手即技惊四座，全歼黄龙杰直接从昆明带来的三员干将。由此也引起了黄龙杰的注意，而他毫无察觉的是，他和郭家月之间还存在着一个特殊的关联人物——黄龙杰的妻子沈惠芸正是郭家月的大学好友。 围绕保卫和清除，黄龙杰和郭家月斗智斗勇，他们的属下周海亮、杨帆、肖风、田雨等也各显身手，其间又发生了很多错综复杂的人物关系。
一九四九年秋，开国大典的礼炮声中，北京城里一片欢腾，清查特务的工作也在紧张地进行。土刀唐胡同里，刚刚接管了旧警察局的年轻派出所所长肖大力正忙着维持群众游行的秩序，偶遇一个熟知兵器的教书匠冯静波，这引起了他的怀疑。为了查清冯静波的身份，肖大力搬进了土刀胡同十五号院，与冯静波做了街坊。冯的真实身份确实是国民党的潜伏特务，代号"5182"。恶霸四阎王为他发了委任状，接受"白眼镜"的命令。深夜，"白眼镜"前来交待任务，冯的特务生涯从此拉开了序幕。"白眼镜"为冯送电台时被肖大力等人击成重伤，临死前只说出5182几个字。肖大力认为冯有重大嫌疑，让他注意四阎王的行踪，借此对冯旁敲侧击。曾在妓院做使唤丫头的大眉子参加了夜校扫盲班，她爱慕冯老师的才华，常主动为他做家务。冯为了掩护自己的身份，请大力保媒娶大眉子为妻。大力找大眉子谈心，拐弯抹角说冯是特务，可大眉子自觉出身下贱，婚事全凭大力做主。 肖大力偶然听到从冯家传出用作联络暗号的乐曲，便也买了一台短波收音机，煞费苦心地进行研究，吃饭睡觉都不忘琢磨那首名为《展览会上的图画》的曲子，在大家眼里他似乎是着了魔。冯从大力的妻子刘亚琴那里听说此事，不禁暗暗心惊，深知自己处境艰难，只得不动声色地应付这一切。他假称挖出一夜壶金子，将活动经费充了公，被评为抗美援朝积极分子。满腹经纶的冯静波邂逅了校长的女儿徐小妤，两人一见如故。小妤仰慕冯的才华，冯也倾心于美丽又有知识的小妤。二人荡舟湖上，面对小妤炽热的目光，冯在欢乐之余也深感痛苦，心情沉痛地说自己是负罪之人，准备自首，但在大力面前却欲言又止。晚上，冯突然不见了踪迹，大力紧张地认为他是畏罪潜逃。敏感的亚琴直奔小妤的宿舍，正好撞见这对偷情的恋人。东窗事发，冯家乱成一团。大眉子不依不饶，要跟那个破坏她家庭的女人"撞头"。冯终于鼓起勇气提出和她离婚，不料受到大力等人的指责与阻挠。校长更以开除作威胁，不许他离婚。气愤的大力把冯反锁在厕所里，让他好好反省历史问题。静波与小妤迫于压力，只得黯然分手。 冯静波在学校从未有过激言行，是个人人称赞的好老师，大力挑不出他的毛病，无可奈何。街道组织大家学习宪法，请冯为众人讲解。冯对镇压反革命的条文心有余悸。特务身份的重压使冯隐忍地生活着，这竟使他在历次运动中躲过了劫难，并且由于他为人和善，处处助人，竟被评为区劳模。而坚信冯是特务的肖大力却被诬以"特务"的罪名送进了劳改农场，亚琴自杀身亡。大眉子意外地发现冯的委任状，偷偷地烧掉了。 四十年过去了，肖大力重又穿上了警服，他依旧执迷不悔地监视着冯的一举一动。此时的冯已由一位好老师变成好校长，他确实感到坦荡做人的快感，同时也更感到自己心底那块石头的沉重。肖大力的儿子新桅和冯静波的女儿抗美青梅竹马，却因父辈的恩怨无法走到一起。昔日给冯发委任状的四阎王已成了海外合作项目的投资者，这令冯惊讶不解。肖大力的铮铮铁骨令冯自惭形秽，也正是肖大力的所作所为，让冯了解了共产党。冯终于幡然悔悟，给大力写了自首信，请他宽恕"昨天的敌人"，并在女儿的搀扶下走进了公安部的大门。
大山子矿务局副局长马扬一个条陈上呈中央，就把省委书记贡开宸送进中南海，他专程向总书记汇报了本省当前的形势与问题。 因此，马扬决定辞去职务，携妻女回原籍工作。机修厂锅炉爆炸事件后，贡开宸立即扣下马扬，不计前嫌地破格委予重用，他把大型国有企业存亡问题和人事制度改革摆到了各位省委领导的面前。在处理机修厂锅炉爆炸事件中，贡开宸认为大山子市的四套班子都在互相打马虎眼，他对大山子矿务局局长夏墨行为极不满意，和老书记潘祥民一道商量“锅炉爆炸事件”后的综合治理解决办法。一场别开生面的专题答辩会召开，马扬让大山子矿务局三十万职工下岗的精彩答辩，引起了很大震动，却令贡开宸和潘祥民彻夜未眠。 在大山子，马扬召开了第四次全体机关干部会议，免去了财务部主任言可言的职务并给予记过处分，被夏墨一状告到省委副书记宋海峰那里。马扬加大改革力度，进一步实施政企分家，让大山子矿务局作为独立经营单位扔进市场，还要对下岗人员做出相应的妥善安置。志和采访下岗女工夏慧平后，直接造访马扬，指出宋海峰请缨到大山子市政府兼职，目的是不让马扬揭开大山子藏得很深很大的黑洞。在省委领导听取马扬汇报会上，马扬以上海“光明乳业”为例，陈述了大山子组建股份制后，可让民营企业、外资企业共同参股，但控股权要掌握在国家手中的先进经验，还特意提到言可言这桩凶杀案，引起了领导们的重视。马扬表示非要拿到杜光华的民营投资。杜光华看他很真诚，就答应继续洽谈合作。马扬向杜光华直截了当、开诚布公地谈了大山子矿区绿化、领导班子、资金启动等问题。马扬和杜光华的谈判延续到了高级轿车拍卖现场，马扬拍卖高级轿车之举，赢得了杜光华的信任，杜光华毫不犹豫，同意立即和马扬签合同。 贡志和到永安县电镀厂调查大月湖受污染的情况时遭到毒打，为此山南地委副书记焦来年成立了专案调查组。 这时，又传来马扬遭人毒打的消息，贡开宸等省市领导赶到医院看望马扬。经医院初步检查，马扬颅骨后侧有一条细小的裂缝。 面对“大山子”三十万即将下岗的干部职工，为争取到由德国投资承建的一个大型坑口电厂的项目，马扬强忍着头部的剧烈伤痛和生命的危险，布置迎接德国考察组的准备工作，经过考察，德国工作小组与马扬草签了合作意向。 中央组织部来省里考察干部，贡开宸推荐马扬作为省委书记的接班人。中央组织部找马扬谈话后，却准备调他去外省担任省委副书记。贡开宸很希望马扬能继续留在省里工作，他找到老领导、前任省委书记潘祥民，请老书记出马亲自去北京，向中央领导申诉，请求将马扬留在本省。 经过言小可和贡志雄的努力，言可言的老伴交出言可言被害前保留的材料。材料中详尽地记载了大山子矿务局领导班子成员和某些人之间重大的非法经济往来情况，使一系列案件有了重大的突破。 跟大山子事件相关的几个恶性刑事案，言可言被杀案、马扬被打案、贡志和家被砸案都已告破。省检反贪局对大山子前矿务局主要领导伙同社会黑恶势力侵吞国有资产一案也结束侦查，相关的涉案人员被拘留审查，副书记宋海峰被双规，新省委副书记到任。 德国方面来电变卦，不准备把资金投给大山子了，贡开宸决定马上派工程院田院士去做德方的工作。这时，传来了美国尼克跨国能源公司准备在大山子建设天然气基地、并同意大山子以股份合作制形式加入的好消息。 中央批准了大山子矿务局改组为大山子能源集团，中央组织部也同意马扬留下来担任大山子能源集团的第一任董事长。经过一番周折，能源集团与恒发集团合并，借壳上市，成功地完成了大山子的企业改制。 德国方面传来好消息，同意把那几个亿的美金投给大山子坑口电厂项目了。马扬愉快地踏上了前往美国与尼克跨国能源公司谈判继而转道德国签约的旅程。
少女傅容生于金匠世家，聪敏好学，由于目睹姐姐的不幸婚姻，遂立誓自强自立，绝不随波逐流，一定要掌控自己的命运。她逃婚来到京城，在游园诗会上偶然结识了心高气傲的肃王徐晋。两人共同经历生死，查明了金器杀人案的真相，抓获了私造兵器的成王徐茂，找出了毒害端妃的真凶。傅容以过人的学识、善良的品格和自强的性格赢得了徐晋的真心爱慕，而徐晋也屡次在危急时刻搭救傅容。在傅容遭遇恩师柳青竹自尽的悲痛时，徐晋鼓励傅容振作起来，一起找出幕后真凶。傅容在赈灾中发现了皇叔徐平的谋反计划，并利用碧玉金簪找到了徐平的密室，最终逼迫徐平自杀伏罪。经历过一系列人生变故之后，傅容和徐晋看淡名利，携手归隐家园，过上了相知相守的幸福生活。
小贤（陈赫 饰）和一菲（娄艺潇 饰）的事业都开始走上正轨，但互相之间的感情依然磕磕绊绊。而子乔（孙艺洲 饰）和美嘉（李金铭 饰）之间虽然做回了男女朋友，但吕子乔的花心本性并不改，貌似还是喜欢去泡妞，着实让美嘉头疼。关谷（王传君 饰）的事业蒸蒸日上，但是和悠悠（邓家佳 饰）之间也还是偶有嫌隙。展博（金世佳 饰）对于宛瑜依旧难以忘怀，但也重新开始寻找新的伴侣。张伟（李佳航 饰）的事业终于迎来春天，即将结婚，并且回到了爱情公寓。 大家在爱情公寓里一起经过了那么多年，那么多事，每一个人都开始渐渐明白自己的生活方向和彼此在自己心中的位置。 不仅仅有相互之间的调侃、戏谑、捉弄，也更多了份相互鼓励、帮助、扶持。有美好，有欢笑；有失落，有惆怅；有努力，有奋斗，爱情公寓一如既往的见证了大家的青春与成长，无论是一菲、小贤、关谷、悠悠、子乔、美嘉、益达还是展博，大家的故事还在继续……
