28世纪前夕，地球人口剧增，生存资源极度匮乏，在人类星际移民初步阶段，为抢夺地外资源，各国掀起新的军备竞赛。 宇宙最强军事商业联盟大夏联盟，属下三大最强舰队：红鳞、昆仑、三足乌舰队，此外还有几千个中小型舰队，其中舰队的主战力为仙女武装适用者。 靠这些舰队开拓收集地外资源，才供养得起六百亿人的社会。 但同时人类社会内部资源争夺战也从未停止。 故事中的人类社会与现实世界区分不大，虽有高端科技，但平民享受不到。 男主慕斯云带领仙女铁姬们征战星域，宏大的故事徐徐展开。
现世与异界间因能量不稳定而产生的时空之隙，是身处异界的怪物们通往现世的唯一通道，为了阻挡怪物入侵，现世里，一群拥有特殊体质的天命之人，勇敢地站在时空之隙中为了守护世界而战。
故事开始于“的哥”小东与英国记者安妮的邂逅，一个打车忘了付钱，一个座车忘了拿包。就在小东讨钱还包过程中，误撞奥运模仿秀赛场，街道主任推荐他当火炬手，却引来好友南瓜的竞争。原来小东的妹妺与南瓜发下毒誓，只要南瓜胜出，她就嫁给他，南瓜闻言如打了兴奋剂，决心与小东一争高下。就在这时，安妮找小东寻找奧运主题，小东的女友北北误以为其移情别恋，心生醋意，眼看一场感情危机即将爆发。老北京的各种绝活令安妮看的目瞪囗呆，“抖空竹”、“踢毽子”等传统体育分布在京城大街小巷。街道火炬手选拔赛马上就要开始了，奥运气氛日渐浓厚......
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。
痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
新的一年，小新一家决定离开生活了多年的地方，举家前往墨西哥。在新的国度，小新一家遇到了很多新奇的人和事，同时也遭遇到了仙人掌怪物的袭击，小新不得不肩负起了保卫家人的重担。
东京郊外的街道——天鹅绒町，这里有着被剧团成员们称之为天鹅绒之路的圣地。身为原舞台演员、因一纸来信而站在此地的你，将会遇到的是……负债累累！没有客人！团员只有一位！失去过去辉煌即将倒闭的落魄剧团！因机缘巧合，你成为了剧团的团长兼【总监督】，身负把剧团重整起来的重任？
照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。
