少年骇客：全面进化第一季

　　宇宙历794年，帝国历485年，莱因哈特·冯·缪杰尔年届十八岁，阶级准将。这一年爆发了凡弗利特星域会战。在无能老将们的围绕下，莱因哈特的野心如火般熊熊燃烧起来。
　　本篇还叙述了蔷薇骑士连队的历史，以及先寇布和叛变的前任队长留涅布尔克的经历。先寇布和吉尔菲艾斯的唯一一次肉搏战对决在本片中出现，后来的宪兵总 监克斯拉也在此出场。

　　知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…
　　同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…
　　兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！

　　失去亲人的痛苦让九路敬一郎（柿原彻也 配音）丧失了生活的热情，热爱音乐的他已经很久没有碰过那把曾经珍爱的吉他了。一天，敬一郎在垃圾堆里看到了一个少女模样的机器人，她的名字叫小花（浅野真澄 配音）。因为型号过去老旧，小花被曾经的主人残忍的抛弃了。在这个夏天，这个雨季，小花和敬一郎相遇了，一段传奇般的缘分开始运转。
　　为了使消沉的敬一郎振作起来，个性有些迷糊的小花学习起了唱歌，可是，越来越频繁的机能中断使小花一次又一次的失去了意识。在弥留之际，敬一郎带小花来到了她梦寐以求的海边，望着蔚蓝的大海和身边的朋友，小花的口中，竟然哼唱起了敬一郎所谱写的乐曲。小花离开了，但取而代之的是一枚用她的核心所制成的八音盒，小花的歌声，将永远陪伴在敬一郎的左右。

　　人才云集的精英校·秀知院学园，在该校的学生会相遇的副会长·四宫辉夜与学生会长·白银御行。无论任何人都认为十分般配的这两位天才，本以为很快就会喜结良缘，但碍于过高的自尊心而仍然未能告白!!
　　“如何让对方告白”在这样的恋爱头脑战中穷尽智略的两人…其罕有的知性热失控!!已经完全无法控制!!恋爱让天才变成傻瓜!!新感觉“头脑战”？恋爱喜剧，再次开战!!

原作的特别篇中描绘的，追加了L和怀米斯小屋的孩子们对话的场面。

本篇从月通过高田向基拉代理中的魅上可命令的状态开始。因此，从一开始海砂就没有笔记本的记忆。

月，TV演出的基拉反对派，魅上照全部肃清的场面追加。

第三本的笔记小故事全部被省略，随之发生了以下的变更点。

只有在影片开头(包括尼娅的回忆场面)和夺回照片、绑架高田时才有出现。

黑手党和死神都不登场。

SPK成员的大量杀戮从梅洛和黑手党变成了基拉(月从美国总统那里敲诈成员名单，高田将其传达给魅上并让他写在笔记本上)。

夜神总一郎已被排除在搜查之外，虽然他还活着，但他不会登场。

伊尔-拉特的名字和肖恩-丹利比的本名的设定复活。(本人和TV系列一样，只是SPK的成员)。

梅洛将自己调查的基拉信息经由丽德纳提供给了尼亚，尼亚在梅洛取回照片之前确信笔记本上的规则是假的。(梅洛脸上的烧伤是存在的)

尼亚与夜神月的首次接触是在与高田幽会之后的手机通话。同时，此时也在呼吁其他搜查人员。

高田知道X基拉的真正身份是魅上。

马特在原作及TV系列中被绑架到高田时被杀害，但在SP版中却只字不提。

随着原作及TV系列中高田知道梅洛本名的情节被删除，追加了高田拥有死神之眼的设定。

除去月的日本搜查本部的成员，和包含尼亚的SPK的成员认知琉克的描写被删除，故事在一次都没有见面的情况下进行。

最后追加了相泽和松田发现月之遗体的场面，魅上和月之遗体分别放映的片段。