日在校园

　　知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

　　「魔法使いさん、わたし、約束守れませんでした……」
　　魔法使いに憧れる天然少女クルミ＝ミライと、
　　代々魔法使いを輩出する名家の令嬢ユズ＝エーデル。
　　レットラン魔法学校＜国家魔法師養成専門学科（通称・マ組）＞への進学は魔法使いになるための必須条件。
　　なのに、まさかの受験失敗………と思っていたら⁉
　　一見、子どものような国家魔法師ミナミ＝スズキが担任として現れ、
　　学園生活は急転！訳ありげなクラスメイトに、怪しそうな同好会……
　　この学校に隠された秘密って何⁉
　　魔法使いさん、わたし＜普通科一組＞で、魔法使いになれる、の、カナ……？
　　夢に破れた正反対なふたりの少女の青春＊魔法学園ファンタジー！

　　主人公林初本是身世显赫的富家之子，但其父母却突然无故失踪，家族公司也被其父亲的前助理所强占，就连他从小住到大的别墅也被突然出现的所谓债主所霸占，于是他只能暂时去到位于郊区的林家老宅中居住。然而，来到林家老宅的林初，却奇异地发现老宅院落中的一座盆景中突然传来神秘的人声，接着他意外进入到了盆景之中，发现了被封印于盆景内的仙山以及仙人——玄清祖师。玄清祖师发觉林初身上有激发封印的能力，于是决定收其为徒，传授其修炼之法，以帮助自己冲破封印。与此同时，玄清祖师为了报答林初，也答应教授其一些技能，以助其调查其父母失踪事件背后的真相。林初同意了天玄祖师的要求，自此踏上了修炼之路！

　　在一个架空世界里，有一小群秘密存在着的“特殊能力者”，简称特能人。他们不会在普通人面前暴露自己，并通过一个自治组织——异控局，对各种特能造成的非自然事件进行管理，维护社会秩序。然而随着时间推移，特能人之间也出现了立场分化。有人想要守护和平维持平衡，有人想利用特能攫取私利。矛盾，一触即发。

　　「抜けさせてもらう！」――
　　赤魔道士のユークはそう啖呵を切って、5年間在籍したAランクのパーティ「サンダーパイク」を離脱した。彼は、他のメンバーから過小評価、否、バカにされていたことに耐えきれず、ついにその地位を捨てたのだ。
　　パーティを探していたユークはマリナ、シルク、レインという元教え子3人と再会し、彼女たちのパーティに加入した。「先生」と慕ってくれる彼女たちに励まされ、ユークはその規格外の魔法力とスキルを存分に発揮し、マリナたちの能力を見事に引き出すことで次々にクエストを達成。そして、配信用魔法道具（アーティファクト）「キャメラット君」による“冒険配信”を通じて、パーティ「クローバー」は世間に名を馳せていく。
　　そんな「クローバー」の夢は最難関迷宮【無色の闇】の踏破。それを叶えるため、様々な迷宮（ダンジョン）に挑戦するが、徐々に世界を揺るがす混沌へと巻き込まれていく――