只要人类拥有心，就一定会有烦恼。“怪”也由此乘虚而入，在体内引发奇怪的症状。被称作“怪病”的这种病症，虽然无人知晓，但确确实实地存在着。面对现代医学的治疗手段束手无策的这种病症，有一位医生和弟子一同出面应对。他的名字是拉姆尼。外表怎么看也不像是个医生，不论何时都我行我素，而且说话也毫不留情。但他一旦面对怪病，就能瞬间发现患者们隐藏在心中的烦恼原因，并加以治疗。
特别编“AIR in Summer”于2005年8月28日和9月4日于BS-i放映。 AIR “Summer”编的故事在2005年1月6日的版本中已经包含，“Summer”编动画故事内容长度比游戏的故事短了很多，其中多半是被删减或压缩。由于播出时大受欢迎，而决定推出特别编“AIR in Summer”填补原电视动画版的空间。 故事是在原TV版第8话中段开始接轨，加插了大量柳也、神奈和里叶出发去寻找妈妈的旅途中所发生的事情。该OVA包含了游戏Summer篇涵盖所有的内容（Summer篇本身为单线无选择），有认为该部分表现力比之游戏原作更为精彩，为整部动画添色不少。
二人的武士：豪华客轮假富商邀请，众正选的华丽比赛和船上逃生。（会出现越前龙马的哥哥 越前龙雅） 迹部的礼物：迹部举办了一场华丽的party，邀请中学网球界的人士参加。事实上是给桦地举行生日party，令人感动的兄弟情。
小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！
