纳净云从警宫大学研究生毕业，分配到东环市公安局。在回来的火车上他三拳两脚打跑了调戏姑娘的几个流氓，并因此结识了漂亮的女记者王彤。纳净云自己要求去重案组做了一名普通刑警。他认为六年寒窗，完全可以凭借丰富的理论知识在刑侦战线大显身手，一鸣惊人。没想到已有四十年警龄的探长王贵金安排重案组女侦察员周菁芳做纳净云的搭档……
于平年幼时随父定居美国，二十三年后，父亲去世，她继承了父亲的财产，遵命回国寻找失散多年的妹妹于凡、于普，弟弟于通。回国后，她创办了“爱莎实业公司”，男友马迪给予了大力支持，公司在生意兴隆，弟妹均如愿找到。但令她吃惊的是：大妹于凡沦落风尘，不知廉耻，无可救药：小妹于普虽在大学读书，因与踩三轮车的继父一起生活，心灵上蒙上了一层阴影，性格非常内向；弟弟于通从小被送进戏班，没有独立的个性，异常软弱涣散。于平希望从此能改变弟妹们的生活。共享骨肉亲情。 然而，一个偶然的机会，揭开了这一个鲜为人知的秘密：于平非于家的亲骨肉。这突如其来的变故令于平无法承受，精神几乎崩溃。而自己深爱着的男友马迪因中西方文化的差异，不理解于平的所作所为，也独自回美国。离她而去。面临重重打击，于平心力交瘁，此时，暗恋她的公司艺术总监高寒向她伸出了爱情的双手。 于平与弟妹们真不是同根生吗？她的亲身父母又是谁呢？于家巨额的遗产又将如何分配呢…… 取材于台湾作家玄小佛中篇小说《谁来爱我》
进入二十世纪八十年代后，在国营食堂当厨师的大龄青年刘洪昌（黄志忠 饰），爱上因家庭负担重而上不起大学的文惠（左小青 饰），文惠姐弟多且又一个失明的母亲（岳红 饰）。洪昌的母亲（宋春丽 饰）与大哥（鲍大志 饰）一上来就反对这门亲事，但洪昌和文惠毅然顶着压力结婚了。文惠的妹妹文远（童瑶 饰）与弟弟文涛怎么也瞧不上这个姐夫，生活中摩擦不断。过了不久，文涛因与姐夫赌气离家出走，文远则被街头混混大黄猫糟踏，得知消息的文涛杀死了大黄猫，而闻讯赶来阻止的、已怀孕的文惠被弟弟失手推倒，最后死在了医院里，双重的打击一下击垮了刘洪昌......
这个故事发生在上世纪七十年代，主要围绕着曾向阳（唐曾 饰）、小池（战菁一 饰）、于百家和陆小燕等人展开。曾向阳和小池是一对纯洁相爱的恋人。然而，曾向阳误会父亲出轨，导致母亲意外死亡，妹妹走失，父亲伤残。为了寻找妹妹，曾向阳不得不与小池分隔两地。于百家暗恋小池，借助漂亮女孩张闹设计陷害曾向阳。曾向阳被冤入狱，小池在百般误会中嫁给了百家。 与此同时，同事陆小燕善良真诚，坚信曾向阳无罪并向他表达了爱意。在艰难岁月中，曾向阳和小燕的感情逐渐加深。贾管教是曾向阳的良师益友，文革结束后成为法院院长，帮助曾向阳洗脱冤屈重返社会。最后，曾向阳准备与小燕结婚，开始新生活。然而，于百家和张闹为了谋得曾家的房产，再次设计圈套。在小燕的帮助下，曾向阳识破了诡计，保住了家族的文化遗产，即曾家大院。
本剧是一部描写现代家庭情感的电视剧，导演和主创人员皆为电视剧《红蜘蛛》的原班人马。每两集一个故事，通过对十个具有典型性的“问题家庭”的案例分析，向人们提出警示—该以怎样的态度面对家庭矛盾，以维持家庭的圆满，避免悲剧的发生，促进社会的安定团结。剧中通过十个家庭案件，揭示出个人内心的虚弱，描绘了人们由于情感错位引起的犯罪。导演将通过“情感十戒”向观众警示：每个人都应保持对生存的警戒，坚守生存规范。 该剧延续了《红蜘蛛》的纪实风格，并且加强了整体的艺术性。都晓介绍说，《家庭档案》不完全是纪实，但故事却力求真实，贴近老百姓的生活。为此，在演员的选择上剧组拒绝大腕加盟，选用一些实力很强的演员，除了史可、李婷、刘冠军等几位观众熟悉的演员外，大多数演员都是新面孔。
